На уровне PHP защищаться от ддоса не эффективно, такие скрипты применяют на хостинг-тарифах, где нет возможности конфигурации сервера. Впрочем, хостеры обычно отключают сайт, если на него идет ДДос, поэтому никакие скрипты вы использовать не успеете.
Выкладываю некоторые здесь. Если кому...